Das Mitteldeutsche Kompetenznetz Seltene Erkrankungen (MKSE) ist ein Kooperationsverbund der Unikliniken Halle und Magdeburg sowie des Städtischen Krankenhauses Dessau. Dem MKSE sind hochspezialisierte Fachzentren (B-Zentren) angeschlossen.

Die zentrale Koordinierungsstelle des MKSE befindet sich in der Kinderklinik des Universitätsklinikums Magdeburg.