Eine konsequente Therapie ist darauf gerichtet, irreversible Hirnschäden zu verhindern. Zu den intensivmedizinischen Maßnahmen zählen die kontinuierliche zentralvenöse Glukosezufuhr (> 8-25mg/kg*min) und Glukagoninfusionen, um körpereigene Reserven der Glukose freizusetzen. Als weitere Medikamente stehen Diazoxid (Präparatename Proglicem) und Somatostatin zur Verfügung. In einigen Fällen ist eine kohlenhydratreiche Kost ausreichend stabile Blutzucker über 3,0 mmol/l, d.h. 55 mg/dl zu erreichen. Bei etwa 40% der betroffenen Säuglinge liegt eine fokale Form des CHI vor. Ein begrenzter Herd, der meist kleiner als 1 cm ist, ist die Ursache für schwerste anhaltende Hypoglykämien. Wird dieser Fokus sachgerecht nachgewiesen und entfernt, kann das Kind permanent geheilt werden.

Der Erfolg der Operation der fokalen Form ist von der guten Zusammenarbeit zwischen Nuklearmediziner/Radiologe, Pathologen und Chirurgen abhängig. Auch die intra-operative Sonographie ist für die Gewebedifferenzierung wertvoll.